O Colégio Carlos Chagas Filho teve sua fundação em janeiro de 1998, iniciando suas atividades com a implantação do curso pré-vestibular, mas sua oficialização como escola ocorreu no dia 04 de dezembro de 1998 pela portaria de autorização publicada em Diário Oficial que regulamentou o funcionamento da educação infantil, ensino fundamental e médio.

Em 01 de fevereiro de 1999, tiveram início as aulas do Ensino Médio e Fundamental com uma proposta pedagógica inovadora. elaborada por professores e coordenadores de grandes escolas de Ribeirão Preto- SP, tendo como idealizador e colaborador o Prof. Nicolau Spinelli, que com a ajuda das professoras Célia Arroyo e Heloiza Helena Rodrigues de Almeida adequaram a proposta pedagógica à realidade de São José do Rio Preto, iniciando assim um grande projeto educacional.

O Colégio Carlos Chagas Filho é resultado de um projeto de educadores obstinados e dispostos a trabalhar e lutar pelo ideal de implementar em São José do Rio Preto, uma instituição modelo de educação para atender aos anseios da região.

Esse ideal está consubstanciado no propósito firmemente declarado de se ter uma instituição de ensino que funcione adaptada às necessidades e peculiaridades do meio, com conteúdo curricular e método pedagógico sob permanente avaliação e cujo desempenho redunde em benefício educacional e em progresso das estruturas sociais de São José do Rio Preto e Região.

O grande diferencial na estruturação do Projeto Educacional do Colégio Carlos Chagas Filho foi o empenho na formação de uma equipe altamente qualificada, envolvida e motivada com o processo de aprendizagem dos alunos. Foram selecionados os melhores profissionais para compor nosso corpo de professores e de colaboradores técnico-administrativos.

Hoje o Colégio dispõe das mais modernas tecnologias do cenário educacional, de profissionais comprometidos com o desenvolvimento dos programas regulares e de projetos complementares, fazendo do Colégio Carlos Chagas Filho uma escola completa.